http://b-chief.org/archives/2005/1106-0731.php#more
その違いは、おおまかに言うと販売管理と流通形体の、2つのポイントからくるものでして。
表面上は同人ソフトであっても、一般的な商業商品のような販売管理をされているものがあったり、全国流通しているものがあったりとするわけです。
しかも、販売規模やユーザーの認知度とは関係無いところで、これらの差があったりするのも面白いですな。
販売管理の違い
同人ソフトらしい 製作サークル本体が販売管理を行っている
↑ 製作サークル外の個人が販売管理を行っている
↓ 製作サークル外の企業が販売管理を行っている
商業ソフトに近い 製作サークル自体が企業によって運営されている流通形体の違い
同人ソフトらしい イベントでのみ入手可能
↑ ショップでの入手が可能
↓ DL販売サイト、通販サイトでの購入が可能
商業ソフトに近い ソフト流通の大手が取り扱っている